ユースタス財団のエージェント・タザキは、ボコたちに協力を求め、ボコたち4人は、怪獣発生の謎を解明するため与那国島の採掘基地へと高速船で向かうことになった。 移動中タザキの元へ、ギャオスと接触した子供たちを乗せた船が巨大な怪獣・ジグラに襲われたという情報が入る。怪獣たちは怪獣と接触した子供たちを狙っている。 次に狙われるのは・・・。