巨大な怪獣の死骸が眠る与那国島の採掘基地。これまでに倒した怪獣の体の一部と、謎の物質のオリリウムが運び込まれる。 基地に到着したボコたちは、怪獣と接触した影響について検査を受ける。 なかなか家に戻れずイラつくジョーとボコは衝突。ジョーは軟禁された部屋から、通風孔を使って抜け出そうとする。部屋に残ったボコはブロディから、ジョーと友達になったきっかけを尋ねられる。その時、島全体が大きく揺れる。 出現したのは、刀の頭を持つ怪獣・ギロンだった。