哀しみの淵に沈むボコたち。さらに地上で目にしたのは、バイラスとの戦いで瀕死となったガメラだった。 一方与那国島の基地跡では、評議会が密かに育てていた特殊なギャオスの幼生が人やバイラスの死体を捕食し巨大化しつつあった。 そして人類に最大の危機が迫る・・・。