ユースタス財団の予測通り、怪獣・ジグラは200ノットを超える高速でボコたちの船へと迫り、 危機一髪のところをガメラに救われたボコたちは、沈没する船から潜水艦で脱出。 ジグラと戦うガメラだったが、その猛攻に力尽き、海底へと沈んでいく……。 ジュンイチは、戦いの中でガメラの発した電波によってジグラの方向感覚が乱されていると気づき、ジグラを陸地におびき出すことを提案する。